Rođen na Zapadnoj obali, Barghouti je predvodio studentske prosvjede protiv izraelske okupacije dok je studirao na Sveučilištu Bir Zeit. Kasnije je postao jedan od organizatora prve palestinske intifade, koja je izbila u prosincu 1987. godine.

Izrael ga je potom protjerao u Jordan, ali se vratio na Zapadnu obalu 1990-ih, u sklopu privremenih mirovnih sporazuma koji su trebali otvoriti put stvaranju palestinske države.

Postao je vođa Fataha na Zapadnoj obali, a kada je izbila druga intifada, Izrael ga je optužio da je vođa Brigada mučenika Al-Aqse, labave mreže oružanih skupina povezanih s Fatahom koje su provodile napade na Izraelce.

Barghouti nikada nije komentirao svoje veze s Brigadama. „Nisam terorist, ali nisam ni pacifist,“ napisao je u kolumni za The Washington Post 2002. godine.

Ubrzo nakon toga, Izrael ga je uhapsio, a na suđenju je odbijao braniti se, jer nije priznavao autoritet izraelskog suda. Trenutno služi višestruke doživotne kazne, nakon što je 2004. godine osuđen zbog povezanosti s napadima u Izraelu u kojima je poginulo pet osoba.

U zatvoru je predvodio više od 1.500 zatvorenika u štrajku glađu koji je trajao 40 dana, zahtijevajući bolje uvjete.